Marilyn Manson'ın en önemli ilişkisi Rose McGowan ile olandı. Manson aktris için Mechanical Animals'taki bir çok şarkıyı yazmış ve Posthuman şarkısında onun sesini de kullanmıştır. 2001'de ayrıldılar. Aynı sene Manson model Dita Von Teese ile sevgili oldu ve çift 2004'te evlendi. Para-noir şarkısını da söyleyen Von Teese, 2007'de Manson'dan boşanma davası açtı ve çift aynı sene ayrıldı. Marilyn Manson şu an kendisinden 21 yaş küçük Evan Rachel Wood ile aşk yaşamaktadırlar. Heart Shaped Glasses klibinde beraber oynayan çift, sevişme sahneleriyle dikkat çekmişlerdir. Eat Me, Drink Me albümündeki şarkılar da Evan ve eski eşi Von Teese için yazılmışlardır.